[EDIT]
Attention ! Cette première partie du dossier contient des erreurs ou des mauvaises formulations. La version corrigée est disponible, Les pièges de la classification phylogénétique du vivant, avec des remarques sur les erreurs commis.

Hier, j’ai passé un exposé oral de 10 min et rendu le rapport écrit de deux pages à la prof de « Histoire des savoirs et philosophie des sciences ». Le sujet portait sur la classification phylogénétique du vivant. Pour éviter une longueur excessive, j’ai choisi de présenter les trois parties sur trois jours.

I – Introduction
II – Brève histoire des classifications
III – Évolution des concepts

I- Introduction

La phylogénétique a pour but de comprendre l’histoire évolutive du vivant. Elle se base sur deux notions essentielles, stipulant que tous les êtres vivants :

• ont des relations de parenté. C’est la phylogénie (qui est plus proche de qui ?).
• descendent les uns des autres. C’est la généalogie (qui descend de qui ?).

La classification du vivant est représentée par des arbres phylogénétiques. Ce sont des arbres schématiques qui montrent les relations entre les entités vivantes, aux niveaux horizontaux (parenté) et verticaux (descendance). Chacun des nœuds de l’arbre représente l’ancêtre commun hypothétique d’un groupe donné. L’ancêtre commun exclusif et la totalité de ses descendants connus forment un clade ou groupe monophylétique. Ainsi, l’arbre du vivant est un système de clades emboîtés à l’instar des poupées russes. Elle ne vise qu’à chercher la parenté entre les groupes frères et non leur ancêtre commun et exclusif qui reste impossible à identifier car hypothétique. La classification phylogénétique du vivant a chamboulé le système en profondeur. Par exemple, elle ne reconnaît plus les reptiles ni les poissons, ni les végétaux car ce ne sont pas des groupes monophylétiques.

Exemple d’un arbre phylogénétique

[Scan de la page 520 du livre Classification phylogénétique du vivant, Édition BELIN (2001), Auteurs : Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader]

Ici, l’arbre est retourné donc au niveau verticale, ce sont les relations de parenté et au niveau horizontal, les relations de descendance. Les urodèles et les anoures constituent, par exemple, un groupe monophylétique car ils ont un ancêtre commun. En remontant un peu plus loin, nous avons un ancêtre commun aux urodèles, anoures et gymnophiores. Ces trois espèces constituent également un groupe monophylétique ou clade. Ce qui n’est pas le cas des « reptiles » qui ne prennent pas en compte les autres descendants : oiseaux et mammifères. Même chose pour les « poissons ».